Prožijte s oblíbenou alchymistkou Sophie Neuenmullerovou zbrusu nové dobrodružství, začínající krátce po událostech hry Atelier Sophie: The Alchemist of the Mysterious Book z roku 2016. Poté, co se svou přítelkyní Plachtou opustí Sophie své rodné město Kirchen Bell, objeví v lese ohromný strom podobající se tomu, který ve svém snu viděla Plachta, a když se ho rozhodnou společně prozkoumat, vtáhne je znenadání tajemný vír do jeho útrob. Po probuzení se Sophie ocitá ve zvláštním novém světě zvaném Erde Wiege, je ale sama a Plachta není nikde k nalezení. Když se pak Sophie zanedlouho doslechne o alchymistce jménem Plachta žijící na okraji nedalekého města a navštíví ji v jejím ateliéru, objeví mladou dívku, která se sice jmenuje stejně jako její přítelkyně, ale ani trochu se jí nepodobá a Sophie vůbec nepoznává. A to zdaleka není jediné nečekané překvapení, které tu na Sophie čeká….
